过滤器装置必须和样品的化学性质*相容。一些过滤膜含有可能对一些应用造成干扰的无毒的润湿剂。另一些滤膜可能结合蛋白质或其它大分子，从而导致过滤器过早堵塞或高价值样品的损失。因此，了解样品性质以及滤膜对与之接触的溶液的潜在影响是非常重要的。
| | 醋酸纤维素CA | 尼龙NYLON | 聚醚砜PES | 混合纤维素MCE | 特氟龙PTFE |
| 蛋白结合 | 非常低 | 低至中 | 非常低 | 低 | 不适用 |
| DNA结合 | 非常低 | 非常低 | 非常低 | 低 | 不适用 |
| 耐化学性 | 低 | 中至高 | 低 | 非常高 | 非常高 |
聚醚砜(PES)
滤膜强烈推荐用于过滤细胞培养基。PES结合蛋白质的能力和可提取物含量都非常低。PES膜的流速也高于纤维素或尼龙膜。
醋酸纤维素酯膜(CA)
滤膜对多数大分子的结合亲和力非常低，尤其适用于要求低蛋白结合作用的应用，例如含血清培养基的过滤。
尼龙膜(聚酰胺NYLON)
本质上是亲水性的，推荐用于对可提取物含量要求非常低的应用，因为它们不含任何润湿剂、清洁剂或表面活性剂。尼龙膜的耐化学性能较强，适于过滤腐蚀性较大的溶液，例如酒精和DMSO。
特氟龙（PEFE，聚四氟乙烯）
膜本质上并且永远是疏水性的，适于过滤气体，包括增湿的空气。特氟龙膜的耐化学性佳，这使其非常适于过滤其它滤膜不能过滤的溶剂或其它腐蚀性化学品。由于其疏水性，特氟龙膜在过滤水性溶液以前必须用溶剂（例如乙醇）预先润湿
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